福島県奥会津。ある村の廃校に、その小学校の元校長先生が暮らしていた。

校長先生は、もう使われることのないこの校舎を修繕しながら、「消えゆく我が舎」をいとおしむように静かに日々を送っていた。
しかし、いよいよその校舎も解体されることが決まる。

ある日、かつてこの小学校で学んだ男・野田が博物館の職員として、校舎に保管されていた縄文遺跡出土品の整理にやって来る。野田には、誰にも明かしたことのない「小さな秘密」があった。それは閉校式の日に埋めた「タイムカプセル」にまつわるもの。
しかし、校長や恩師であった綾子先生、その娘リツコと接していくうちに、小学校での懐かしい記憶が徐々に回復されていく。

そんな中、村の老人施設にいた綾子先生が、隣町の大きな病院に移ることになる。娘のリツコに付き添われて村を離れる道すがら、綾子先生は学校に立ち寄る。綾子先生は校庭を見渡し、小さく呟いた。「あの子達、どこへ行ったんでしょうねぇ」。その時・・・・